Ce système bien que performant, souffre du manque de rigueur des emballeurs de logiciels (souvent les éditeurs de distributions eux-mêmes), qui n'utilisent pas à fond les possibilités offert par le système.
Notamment dans les dernières versions, des mécanismes étendus de liens de dépendance avec d'autres paquetages, ainsi que la possibilité d'introduire des scripts à exécuter avant et après l'installation ont vu le jour. Malheureusement, on n'a pas fait assez d'efforts pour vraiment utiliser correctement ces mécanismes.